施琅经过亲自调查后,对台湾的弃留问题看的很远。他于同年十二月二十二日上疏,具体深入地剖析了台湾的情势,阐明了“弃之必酿成大祸,留之诚永固边圉”的意见。
赵士麟、苏拜、李麝等人奏称:“据施琅奏内称,台湾有地数千里,人民十万,则其地甚要。弃之,必为外国所踞,奸宄之徒,窜匿其中,亦未可料。臣等以为守之便。"
康熙皇帝听取了各方面的意见,最后明确谕示:“台湾弃取所关甚大,镇守之官三年一易,亦非至当之策,若徙人民,又恐失所,弃而不守,尤为不可。”他要大学士会同议政王大臣、九卿、科道等“再行确议具奏”。之后,大学士明珠回奏:“议政工大臣等认为,上谕极当。提臣施琅目击彼处情形,请守已得之地,则设兵守之为宜。”
于是,台湾充立一府三县。置巡道一员分辖,隶属于福建省。抚曰台湾,附郭为台湾县,南为风山县,北为诸罗县,由台厦兵备道分辖。同时台湾设总兵官一员,副将一员,兵八千,分为水陆八营。澎湖设副将一员,兵二千,分为二营,每营各设游守千把等官。康熙皇帝任命参领杨文魁为第一任福建台湾总兵,在杨文魁上任陛辞时,康熙特地面谕:台湾远在海隅,新经底定,彼处新附兵丁以及土人黑人种类不一,你到任之后,务期抚辑有方,“宜用威者慑之以威,宜用恩者怀之以恩,总在兵民两便,使海外晏安”。他还告诫杨文魁,“台湾以海洋为利薮,海舶商贩必多,尔须严饬,不得因以为利,致生事端”。之后,文武各官陆续就任,编户籍,定赋税,通商贾,兴学校,至此,台湾正式隶属于清朝中央政权的行政管辖之下。