《吾灸集》《投笔集》皆钱牧斋晚年所撰写,书中多有反清复明且和东南抗清义士的交集等敏感议论,触犯朝中忌讳,拥有两书的人皆秘密收藏。《投笔集》由本族侄子钱曾王注释,《吾灸集》将钱曾王的诗放在开篇之首。曾王博学好古,注释《初学》《有学》两集,钱谦益十分器重他,说他能够理解他的内心思绪并加以说明。其实最最理解他的还是当代学术泰斗陈寅恪,他的《柳如是别传》就是在深入研究老钱晚年的著作,才归纳总结得出钱谦益晚年那些隐藏在诗词中的缜密心思,草蛇灰线绵延千里般以比兴手法绵里藏针地显露出钱柳夫妇的苦心复明的心态。老钱其实贡献的并不比他的那些东林、复社的朋友或者学生陈子龙、冯梦龙、黄宗羲、刘宗周、黄道周、翟式耜等做得少,只是多年来掩藏在历史的尘埃中,被其“贰臣”污名所掩盖,名节难以彰显,背着贰臣之骂名走进历史,可谓一失足成千古恨。
钱牧斋饱览经史在书海中寻觅相关联之处,融会贯通,常有自己的独到见解。他的读书方法有独到之处,各种书籍都备有副本,凡遇到字句有新奇之处的,即从副本中摘取,黏贴于正本上格,以便寻找,供采录撷取。因为正本都是宋元精刻版图书,不能轻易用红字或者黄字进行批注。