简文帝继位不久，便进封桓温为丞相，留其在京师辅政。桓温辞让不受，率军返回白石，还镇姑孰，留郗超在京把持朝政。
但是，皇位的更迭总要引发一些人内心不安的心思，为此，桓温开始对朝野进行新一轮的整顿。从前的桓温只有受气的份儿，可现在是建康城中的官吏只有受气的份儿；从前的桓温从来不把屠刀伸向朝臣，即使是如殷中军之流他也网开一面，可现在的桓温却手执钢刀，杀尽忤逆之人。
人总是会变的，此刻的桓温已经有了质的变化。如果将枋头之战前的他视作一心为国的岳武穆，那么经历过枋头之战的惨痛教训后，他则成了把控朝局的霍子孟。一场战争可以塑造一个人，也可以毁掉一个人，枋头之战对于桓温的影响究竟是好是坏，我们无法评价。就像高居庙堂的人永远沾染着政客的肮脏，而胸怀赤忱的义士却大多来自草莽。
桓温首先瞄准的是司马家的宗室，武陵王司马晞好习武事，又在朝中担任太宰重职，素为桓温所忌。桓温以“聚纳轻剽，苞藏亡命”为由弹劾司马晞，免去司马晞和他两个儿子的官职，打发回了封地。
