施琅经过亲自调查后，对台湾的弃留问题看的很远。他于同年十二月二十二日上疏，具体深入地剖析了台湾的情势，阐明了“弃之必酿成大祸，留之诚永固边圉”的意见。
赵士麟、苏拜、李麝等人奏称：“据施琅奏内称，台湾有地数千里，人民十万，则其地甚要。弃之，必为外国所踞，奸宄之徒，窜匿其中，亦未可料。臣等以为守之便。"
康熙皇帝听取了各方面的意见，最后明确谕示：“台湾弃取所关甚大，镇守之官三年一易，亦非至当之策，若徙人民，又恐失所，弃而不守，尤为不可。”他要大学士会同议政王大臣、九卿、科道等“再行确议具奏”。之后，大学士明珠回奏：“议政工大臣等认为，上谕极当。提臣施琅目击彼处情形，请守已得之地，则设兵守之为宜。”
于是，台湾充立一府三县。置巡道一员分辖，隶属于福建省。抚曰台湾，附郭为台湾县，南为风山县，北为诸罗县，由台厦兵备道分辖。同时台湾设总兵官一员，副将一员，兵八千，分为水陆八营。澎湖设副将一员，兵二千，分为二营，每营各设游守千把等官。康熙皇帝任命参领杨文魁为第一任福建台湾总兵，在杨文魁上任陛辞时，康熙特地面谕：台湾远在海隅，新经底定，彼处新附兵丁以及土人黑人种类不一，你到任之后，务期抚辑有方，“宜用威者慑之以威，宜用恩者怀之以恩，总在兵民两便，使海外晏安”。他还告诫杨文魁，“台湾以海洋为利薮，海舶商贩必多，尔须严饬，不得因以为利，致生事端”。之后，文武各官陆续就任，编户籍，定赋税，通商贾，兴学校，至此，台湾正式隶属于清朝中央政权的行政管辖之下。
