光绪帝颁布的法令和条例很难实行,并且他对朝廷官员的任意罢免让局面更加混乱。光绪帝心烦意乱,一意孤行,北京的政局逐渐变得微妙了。维新局面逐渐失控,慈禧感觉到了威胁的阴影,并且光绪帝做的一件事情让她相当震惊。日本前首相伊藤博文访华,光绪帝与他见面,并且拟聘伊藤博文为清国维新顾问,除此之外,还有人向慈禧报告说,光绪召见了驻扎在天津小站的新军首领袁世凯!日本是中国的仇人,袁世凯也对清政府的统治造成极大的威胁,这些都是慈禧所不能容忍的。不久慈禧下令捉拿康有为、梁启超等人,而谭嗣同等人被斩于菜市口,史称“戊戌六君子”。
李鸿章早就知道维新变法的结果会失败,他如一个睿智的先知一般,冷眼旁观。戊戌变法缺乏必要的手段,缺乏根基和策略,缺乏方向性,也缺乏争取与妥协,只是光绪、康有为等人的一意孤行,最终的结果只有失败。变法失败,李鸿章心里也隐隐地有些失落,而对于维新变法,他也很复杂。因为戊戌变法是应该迈出的第一步,但是在没有准备好的情况下,这一步刚迈出就已经输得一塌糊涂。变法失败后,李鸿章一直待在贤良寺中,他既没有参与慈禧幽禁光绪的行动,也没有发表同情维新变法的言论,他冷静地与这一切保持距离,只是暗自设法保护一些“新党”人士。