裕王登基,改元隆庆,颁布先帝遗诏,大赦天下,海瑞、何以尚都出狱了,自由的空气,是那么的新鲜。重返工作岗位后,海瑞担任户部主事,不久,又调往兵部任武库司主事。隆庆元年(公元1567年)升职为尚宝司丞、大理寺右侍丞。当时内阁首辅徐阶与隆庆皇帝的旧部高拱,打了起来,双方你争我夺,你来我往,场面十分炸裂。高拱命令他的学生监察御史齐康弹劾徐阶。而海瑞决定站在徐大人一边,说:徐大人之前为了保住乌纱帽,没有劝谏皇帝,使他从修仙、大兴土木等弊政中醒悟过来,是有问题;但是他执政以来,勤于政务,值得称赞的事情非常多;高拱这个人,狡猾凶狠,齐康无中生有,黑白不分,诬陷忠良,安心做权臣的爪牙,他的罪过比高拱还要大。于是他请求罢免高拱,对齐康严加处理。其他同事也纷纷上疏,请求挽留徐阶,惩罚高拱。最后齐康发配边疆,高拱不得已辞职。
经过此事,高拱对海瑞十分忌恨。没过多久。徐阶顶不住压力,黯然退休,高拱因为皇帝的信任,重新回到朝廷,进入内阁。当时江南土地兼并严重,各方面问题层出不穷,需要一位能臣前往治理,高拱看中了海瑞。为什么派他去呢?因为要利用他,好好整一整曾经的政敌。徐阶是前任内阁首辅,也是江南的大地主,手里掌握着几十万亩田地。别看他以前劝说皇帝,把景王霸占的土地还给农民,他自己也不干净,倚仗手里的权势侵占其他人的农田。隆庆三年(公元1569年)夏天,海瑞晋升都察院右佥都御史,巡抚应天十府,终于离开了北京城,回到南方做官。