恰在这个时候，朝廷中的四川籍官员和四川的一些地方官却为了张献忠和罗汝才的这次入川而大肆地诋毁起杨嗣昌来了，因杨嗣昌本是湖广武陵人，他们就说他为了保护自己的家乡而故意驱敌入蜀，以邻为壑。
杨嗣昌不断地在山间奔波，得到的却只不过是官军不断失败的坏消息和众多官员的恶言恶语，他不禁气急败坏，把整个失败全都归到了川陕各处的官军们的身上，数次向崇祯攻劾其堵截不力。应该说到这个时候，崇祯对于杨嗣昌仍是十分的宠信的，因此他在连连接到杨嗣昌的攻劾奏疏后，便全都按照杨嗣昌的指点一一将总兵官邵捷春和陕西总督郑崇佥抓了起来，邵捷春更是最后被斩首于西市，郑崇佥先是被革职入狱，后来也同样被问成了死罪。一时间，整个大明上下已经混乱到了极点。
可是，也就在官军和朝廷陷入一派混乱的时候，张献忠和罗汝才却在四川连克什邡和隆昌等川中川南州县，紧接着又很快攻陷了川南的重要城市泸州，继而又返师向北，破仁寿、逼成都、陷德阳、绕道川北东渡嘉陵江，并在崇祯十四年初的时候拿下了巴州和通江，最后沿着长江的北岸十分顺利地出了四川，重新回到了湖北。
