后来他又上疏请求对极度灾荒的州县，赶快下诏停止征收各种赋税，让官府停止对百姓的起诉，专门把解救百姓的饥荒当成大事来抓。崇祯皇帝再次采纳了他的建议。于是上等灾害的七十五个州县新、旧、练三饷一并停征，中等灾害的六十八个州县规定只征练饷，下等灾害的二十八个州县拖延到秋收后催征。崇祯十四年（1641年）左懋第受命负责督办漕运，赴任途中飞章进言说：
臣从静海走到临清，一路上看到百姓饥饿而死的有十分之三，病疫而死的十分之三，做了盗贼的十分之四。米一石值二十四两白银，人死后活人拿他来吃了充饥，希望陛下为下边的小百姓来考虑考虑吧！又上书讲：我从鱼台到南阳，一路上看到流寇杀人放火，乡村、城市都化作一片废墟。其他饿死病死的百姓，尸体堆在河边，使河水都不能流淌了，对百姓的赈济怎么可以不立即进行呢？过后他又陈述了安抚百姓消除贼寇的策略，请求丈量荒田，清查逃亡户口，给流民以生存的喜乐，鼓励他们耕种的心思。懋第又上书讲：我在运河沿岸办事一年，经常召见父老乡亲询问他们的疾苦，都说到练饷的害处。三年来，农民在田野里抱怨，商旅在路途上叫苦，这么重的摊派，所训练的又是怎样的部队呢？部队在哪里呢？剿灭盗贼，守卫边疆，效果体现在哪里呢？干什么使民心瓦解到这般境地呢？又讲：我去年冬天到宿迁碰到漕臣史可法，他讲到山东一石米值二十两银，而河南竟贵到一百五十两，漕运储备很有欠缺。朝廷的意见不收折算的钱物，要收取实物田赋。现在淮州、凤阳一带小麦丰收，如果收取山东、河南的钱物换成小麦转运，岂不是非常有利的事？过去刘晏制定过转易的办法。今年黄河以北大丰收，山东东昌、兖州二府也好收成。假如拿出国库银二三十万两拨给那里的有关部门及时收购，对于国家财政是有利的。崇祯帝立即命令讨论实施。懋第几经升迁，做了刑科左给事中。
